冷门动画有很多，最冷门的不好说，要么做的太差没人看，要么题材太偏没人看，还有年代久远的赶不上好时候的，还有风格比较独特的独立动画。比较难懂的意识流动画也很冷门，比如《灵魂失格》，《山村怪伯伯》，《细细的绿线》等等。
谢谢邀请
作为一名专门看冷番的伪（gong）达(kou)人(zhai)来回答这个问题再适合不过了
1、《myself;yourself》一部包含：自杀未遂、姐弟私奔、黑化百合、校园凌霸、虐杀动物、杀妻自FEN的纯爱片，没错就是披着猎奇外皮的纯爱片。本来是为了宣传gal做出来的广告动漫，结果反响比原作还好，呵呵。
这部片子最NB的地方就是在短短12话里面涵盖这么多狗血的元素，你看完居然还挺感动；而且支线这么多，居然没有让人感到主线剧情薄弱，这点比angelbeats不知道高到哪里去了。
另外画风很棒，绝对不是06、07年左右的水准，女主很美，BGM小提琴音乐真是好听。
2、《死后文》08年最让我纠结的2部番之一，另外一部是《真实之泪》。我认为日本动漫里有两种类型最容易出佳作、良作：黑暗系和治愈系，那么黑暗系和治愈系结合呢？
——那就是神作、准神作级别的片子了，当然黑暗治愈系的片子少之又少《死后文》可算其中之一。
3、《翼神传说》RahXephon ラーゼフォン是骨头社早期的代表作，骨头社的作品都有一个宏大的背景或者说世界观，此番的世界观设定以及意识流的表达手法可以和EVA有一拼。当然这部作品极其烧脑，如果你只看一遍估计连谁是女一号都搞不清。
4、《绝对冲激》黑暗治愈+惊悚悬疑，一个6话的卖肉战斗向OVA，这片子史诗级结局非常符合它的片名——绝对冲击，不卖弄杀必死还真是个好片，结果搞得跟学园默示录似的。人物原案是八宝备仁，但我怎么觉得像关口可奈味的人设。里面的主题曲《zero gravity》很燃。
5、《夏之岚》这个我在另外一个问题里写过如果让你推荐一部动画，你会选择哪一部？ - 知乎
《夏之岚》二战、夏日、军国主义、清纯的女高、幽灵、女仆咖啡厅、时空悖论。。。怎么样的一部作品能涵盖以上这么多光怪陆离的元素。
夏之岚——冷门中的冷门，被埋没的佳作（个人觉得是新房昭之最被埋没的作品）
我找到这部片子纯属巧合，当年我在ZERO动漫上找老番突然一部画风清奇的作品引起了我的注意力，再定睛一看热度居然只有700多（一般的比较冷的作品也要3000+的热度）于是我就度娘了下这部动漫具体情况：
原作：小林尽，《校园迷糊大王》的作者监督：新房昭之（南泽十八），这位不用介绍了制作公司：SHAFT，做物语系列、小圆脸、最游记、ef - a、向阳素描、绝望先生的主要声优：白石凉子、三瓶由布子、名冢佳织、野中蓝、堀江由衣、生天目仁美等年代：第一季于2009年4月5日开始播放 。同年10月4日系列动画的第2期《夏日风暴！～春夏冬中～》好了，软硬件上目测都过得去。南泽十八的作品再怎么地也不至于太差，那就补呗。
看了之后。。。“卧槽好好看，卧槽好有趣，卧槽好内涵，卧槽好感动”。。。
要我评价的话是个意外地很好看而且很耐看，引人深思的作品。军国主义的愚民思想教育加上女高中生的天真，突出了那个年代的日本人民的精神无知，战争只是一个谎言 并不会带来更好的明天 得道多助失道寡助 当你作为寡助的一方 看着当年无知人民面临战争灾难的时候 会不会去痛恨当初下了决定战争的人呢？
被埋没的主要原因是画风实在是太复古了和那个《迷之彼女X》差不多。
6、《sola》这个片子严格上说不算太冷，但是有人连大剑和hellsing都推了，那sola肯定是冷到零下30度了。
这番是久弥直树原创的作品，除了画质渣（脖子以上部位崩得一塌糊涂），毁了七尾奈留的神人设之外几乎无可挑剔。
女主四方茉莉是我的本命之一，也正是由于茉莉能登也成了我的本命声优。
四方茉莉——二次元最美好的女孩。
7、《羊之歌》“我们不是狼，而是长着獠牙的羊。”讲姐弟间第四类感情，姐控必看！
林原女王出演高贵优雅、成熟冷艳、热情似火的小姐姐，不看不是人。
高城千砂——眼角下有两颗泪痣的女子
8、《BLACK CAT》
可不是五更琉璃，原作是矢吹健太朗老湿的漫画，矢吹老湿当年还没有画tolove的时候 还是很有节操的。
很赞的人设男主很帅（比斗神帅多了），精彩的打斗场面，后现代主义风格，sf，各方面都很不错的作品值得一看。对了EVE是金色暗影的原型。
9、《蜂蜜与四叶草》这部也挺有名的，就是年代太久远了，现在好多人可能没有看过。
非常棒的作品，很适合快要大学毕业和刚刚毕业的社畜看。很真实很励志充满正能量的一部作品。有合法萝莉、清纯女大生、还有一位女神级别的未亡人小姐姐/痴汉脸。港真大原姐姐配的人妻、卡桑真的是太棒了。
原田理花，引用女主的一句话“那么美，却又满身都是伤痕”
10、《巷说百物语》小说挺有名，京极夏彦写的百物语系列中的一部，动画年代很早了。志怪类跟怪化猫、xxxholic类似的风格。
这里我想提一下女主阿银的声优——小林沙苗，真的是实力很强的声优，现在估计很多人都不知道她了还有人以为她不红，其实人家早就出名了，只是很可惜她也早就淡出CV界了。小林沙苗_百度百科
有人看我就再补几部，争取能凑够20部~
11、《神无月的巫女》百合+巫女+高达+热血战斗+相爱相杀的超狗血组合，超虐、純虐、虐的人痛不欲生肝肠寸断。我已经拿着个坑害过N个纯情少年/少女了，每当有人求虐或者看clannad、air、未闻花名无感我就会推荐这部，几乎屡试不爽。
这番在百合番里面很有名，在小圆脸之前一直霸占日本各大网站百合动漫排名第一位；在中国，被百合会评为“百合三神作”之一（另外2部是圣母在上和惊爆草莓）
女主姬宫千歌音“百合四女王”之一。自己看图吧，我懒得打形容词了，或者说我找不到形容词来相容了。。。
我听过最美的告白：
我喜欢你…… 我喜欢你的眼眸…… 我喜欢那有如春夜的银河一般闪耀的眼眸…… 我喜欢那有如春日阳光般温柔的眼神…… 我喜欢你的头发…… 我喜欢那仿佛飘动于微风之中丝绸般的柔顺长发…… 我喜欢你的嘴唇…… 我喜欢能给予甜蜜亲吻…… 能发出撩人呻吟的嘴唇…… 我喜欢你的声音…… 我喜欢清亮甜美能进入人心底的清澈声音…… 我喜欢你的身体…… 我喜欢那触之欲折的纤腰…… 仿佛不盈一握却形状秀美的胸部…… 我喜欢从重叠的肌肤之间你给我的温暖…… 但是我最喜欢的是你的心灵…… 虽然脆弱而容易受伤…… 但是无论到那里都是纯洁而美丽…… 不会随意谴责别人…… 什么都能包容的……充满温柔的灵魂…… 我喜欢你…… 我太喜欢你了…… 我忍不住想得到你的一切…… 你以外的东西…… 我什么都不想要了…… 只想得到你…… 只有你我二人的永远之夜 可是这个世界厚颜无耻的挡在我们面前所以要毁掉《神无月的巫女》—姬宫千歌音12、《真实之泪》PA处女作，著名党争动漫，被评为十大党争第五位，也是我的入坑作在我心中是校园纯爱片的第一作。哪怕晚个3、4年出来绝对能引起轰动，只可惜当年追番的还是太少。
此番的最后3话真是惊心动魄、起伏跌宕、百转回肠甚至不到最后一分钟你都不知道鹿死谁手太TM刺激了。据说这个动画结局是监督西村纯二、系列构成冈田大妈、原案关口可奈味（此番还不是典型的关口脸）相互斗争与妥协的结果（冈妈又想专治胃不疼，结果被正义的西村和关口压制了233）
最后，养女党头顶青天！！！
13、《快要坏掉的八音盒》OVA作品，治愈系，让人很想哭的作品，小花激萌！
14、《勿忘蛛》害人害人害人，写上来造（bao）福(fu)人(she)类(hui)，叫你们喜欢人外~。只有25分钟的OVA去掉op/ed也就20分钟，但却包含巨大能量。
作为鉴赏过blue系列和某轮舞曲，居然对此作接受不能。心里够强大你就看吧反正就25分钟。
15、《双恋》、《双恋A》我其实只想推双恋A（全称《双恋Alternative》）的，这两部片子剧情上没任何关系，只是双恋A借用了双恋的人设。
《双恋》是一部普通的后宫片，不看也罢。
《双恋A》则是非常有争议的SF+意识流+后现代主义文艺向作品，跟我上面提到的《black cat》有些类似。
据说当年型月就是看到了双恋A才把《空之境界》交给UFO社做的，此后UFO一战成名。
16、《FLCL》译名《特别的她》，我也不知道怎么翻译成这个名字。
这是我看过脑洞最大的片子，被称为宅社（GAINAX）最高作。
以下来自百度：
《FLCL》（又译：特别的她）是GAINAX联合Production I.G于2000年推出的全6集OVA动画，集结了当时宅社最精英的一批动画制作人。包括《EVA》《蓝宝石之谜》副监督鹤卷和哉，《天元突破》《斩服少女》监督今石洋之，《EVA》《虫师》原画平松祯史，《千与千寻》《创越时空的少女》美术背景小仓宏昌，《EVA》《穿越时空的少女》人设贞本义行，《少女革命》《飞跃巅峰2》剧本榎戸洋司，《EVA》系列原画摩砂雪。音乐则请到了知名摇滚乐队the Pillows，并为本作特意打造了三张完整专辑。如此闪亮的全明星创作阵容使得本作一直被誉为“宅社最高峰”，在欧美宅中拥有大批死忠粉丝。17、《伊里野的天空》又是个造福人类的片子，6集OVA。剧情我觉得和《最终兵器彼女》类似。也属于很虐的片子，女主很萌、op《Forever Blue》超好听
《伊里野的天空》是2005年02月发行，由小说全4卷改篇的OVA动画，原作作者秋山瑞人也是凭借着这部作品一举成名。讲述暑假最后的那天夜晚，悄悄潜入学校泳池的浅羽直之与一位手腕上嵌有银色球体不可思议的少女伊里野加奈相遇。《伊里野的天空、UFO的夏天》是电击文库发行的一部轻小说，作者为秋山瑞人，原作插画由驹都英二担任。目前已被改编为OVA、广播剧及电子游戏作品。我不在乎这个世界，我只在乎你，拯救世界只是by the way
18、《仰望半月的夜空》原作小说挺有名的
《仰望半月的夜空》是由日本轻小说作家桥本纺著作，插画家山本启治负责插画，电击文库出版的轻小说。其中第一至第六卷为本篇，第七及第八卷为番外短篇集，主系列已完结。本作在这本轻小说真厉害!评选中于2006年排名第10名、2007年第4名。动画只做了6集的OVA我觉得挺遗憾的，真的是个非常干净非常纯粹的纯爱作。比现在这些废萌卖肉的乐色不知道高到哪里去了。
19、《The Soul Taker～魂狩～》此作可算新房昭之成名作，用了大量意识流手法，十分典型的新房风格，争议也非常大。也许这部作品才是新房的完全体。早期新房还做过一个意识流动漫《柯赛特的肖像》口碑比魂狩好。
也正是这番做砸了，表番没人找他做，才有了南泽十八233333333
另外小麦真的好萌~
PS：还有个叫《魂兽》的垃圾番不要把2个搞混了。
"/>35、《杀戮公主/虐杀姬》这番是不是百合我一直没搞懂，也许跟《食灵零》一样是百合擦边球吧。。。反正一百合控说不是~
剧情铺设的挺紧凑，燃点爆表，女主你可以看作是完全体的小忍，并且拿着妖刀心渡战斗的样子
喜好此类风格的可以去补番。而且画风挺好的。
《巷说百物语》
动漫《巷说百物语》是根据日本同名推理小说创作而成，作者是日本作家京极夏彦。这个作者比较出名，而这一部是他百物语系列中的一部。
讲的是一个为撰写《百物语》而游历诸国的隐居者,在一个雨夜因为自己的迟钝邂逅了一个神秘的 "三人组":擅长骗术的御行师——又市先生;擅长操纵玩偶的傀儡师——阿银小姐;擅长鸟寄的模仿师——长耳先生.至此,卷入了一系列诡异的事件之中,这些事件成就了他的《百物语》的素材。
作品中，作者本人亲自帮“京极亭”此角色配音；前半段为沿袭原作的故事，后半段开始则带有强烈的奇幻色彩。
怪化猫这部动漫以日本的一些比较出名的怪谈为基础来创作并且开展故事线，我当时看的时候是熬夜看完的，五个小故事很有意思，是由“座敷童子”、“海坊主”、“无言怪”、“鵺”、化猫”五个小故事组成。当时我的同学说画风有点怪，但是我感觉是画风紧紧地吸引着我。看起来有点像日本的浮世绘，色彩浓烈热情。
但是一定要注意这是一部比较慢热的一部，需要有点耐心，我突然想到了里面的座敷童子，在游戏里的座敷童子长个尖角，还算可爱，在这部动漫里，可以说是丑.....丑萌吧！
尸鬼这个是日本很出名的小说家小野不由美写的同名小说改编成的动画。故事比较吸引人，讲的就是一个村快被灭了，主角们发现了这是村里新搬来的尸鬼折腾的，然后“九九八十一难”，主角村民雄起撵走尸鬼的故事。（该理解属于我自己的感受）。
这个动漫我觉得，不是太重口的离远点，这真的是一部“探讨人性的动漫，什么肢解妻子，吸食朋友，汽车碾头啥的！简直不要太残暴！
《hellsing》这部也叫《国力王教骑士团》，这个剧看着有点烧脑，不太适合小朋友们看，为什么这么说呢？因为这是一部反常理的番，它所表达的一些东西都是反向的，所引导的东西很容易让小朋友走入误区。
可是！我就是要说好看！反正我也不是小孩子啦～
这个作品真正的含义就是：所谓怪物，即是那些在现实里变得扭曲的人心，因为是心魔所以不死，只有人类才能杀死怪物，是因为能消灭心魔的，只有产生心魔的人类自己。
